Die medizinhistorische Sammlung beinhaltet vor allem Instrumente, Geräte und Untersuchungsstühle des 19. und 20. Jh. Einen besonderen Bestand bildet eine Sammlung von ca. 700 Patientenbildnissen, die im 19. Jh. für die Kieler chirurgische Klinik angefertigt wurden. Herauszuheben sind des Weiteren die Präparate-Sammlung des Pathologischen Instituts mit Feuchtpräparaten von 1885 bis 1960, umfangreiche Röntgenröhren- und Osteosynthesesammlungen sowie eine Sammlung zur Zahnheilkunde mit Objekten von 1860 bis 1980.

Im Bereich der Pharmaziegeschichte finden sich Apothekeneinrichtungen des 19. Jh. aus Schleswig-Holstein und Gerätschaften zur Herstellung von Arzneimitteln in Apotheken. Teile des Sammlungsbestandes können über folgende Portale abgefragt werden: