Wechselnde Sonderausstellungen mit Objekten aus der reichhaltigen Museumssammlung beleuchten Kunst, Kultur und Geschichte der Stadt des 19. und 20. Jahrhunderts. Sie ergänzen damit die Dauerausstellung zur maritimen Stadtgeschichte im Schifffahrtsmuseum in der Fischhalle.

Im historischen Gewölbekeller des Warleberger Hofes wird außerdem eine kleine Ausstellung zur älteren Stadtgeschichte präsentiert.